Dengan diterbitkannya Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia nomor 184/U/2001 tanggal November 2001 tentang Pedoman Pengawasan Pengendalian dan Pembinaan Program Diploma, Sarjana, dan Pascasarjana di Perguruan Tinggi, maka fungsi Kopertis telah berubah. Akan tetapi, Surat Keputusan tentang Organisasi dan Tata Kerja Kopertis belum diterbitkan. Namun, berdasarkan tugas yang dilaksanakan Kopertis saat ini, fungsi Kopertis dapat dijabarkan sebagai berikut :

1. Melaksanakan bimbingan penyelenggaraan program Tri Dharma Perguruan Tinggi pada Perguruan Tinggi Swasta (PTS) di wilayah kerjanya;
2. Memberikan dorongan dan saran – saran dalam rangka pengembangan PTS sesuai dengan kebijakan yang ditentukan oleh Direktorat Pendidikan Tinggi;
3. Memberikan bantuan sarana dan tenaga kepada PTS dalam rangka peningkatan kemampuan PTS untuk mandiri;
4. Melaksanakan tugas – tugas lain atas petunjuk Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi.